Variante Ómicron SARS-CoV-2: un nuevo capítulo en la pandemia de COVID-19

• Salim S Abdool Karim Quarraisha Abdool Karim
• The Lancet diciembre 03, 2021DOI:https://doi.org/10.1016/S0140-6736(21)02758-6

El 25 de noviembre de 2021, aproximadamente 23 meses desde el primer caso reportado de COVID-19 y después de un estimado mundial de 260 millones de casos y 5,2 millones de muertes,¹  se informó una nueva variante preocupante del SARS-CoV-2 (VoC), omicron,².

Ómicron surgió en un mundo cansado de COVID-19 en el que la ira y la frustración con la pandemia abundan en medio de impactos negativos generalizados en el bienestar social, mental y económico.

 Aunque los VoC anteriores surgieron en un mundo en el que la inmunidad natural contra las infecciones por COVID-19 era común, este quinto VoC ha surgido en un momento en que la inmunidad a las vacunas está aumentando en el mundo.

La aparición de los VoC alfa, beta y delta del SARS-CoV-2 se asoció con nuevas olas de infecciones, a veces en todo el mundo.

Por ejemplo, el aumento de la transmisibilidad del VoC delta se asoció con, entre otros, una mayor carga viral,⁴ mayor duración de la infecciosidad,⁵ y altas tasas de reinfección, debido a su capacidad para escapar de la inmunidad natural,⁶ lo que dio lugar a que el Delta VoC se convirtiera rápidamente en la variante dominante a nivel mundial. El VoC delta continúa impulsando nuevas olas de infección y sigue siendo el VoC dominante durante la cuarta ola en muchos países. Las preocupaciones sobre la menor eficacia de la vacuna debido a las nuevas variantes han cambiado nuestra comprensión del final del COVID-19, desautorizado al mundo de la noción de que la vacunación global es por sí misma adecuada para controlar la infección por SARS-CoV-2. De hecho, los VoC han destacado la importancia de la vacunación en combinación con las medidas de prevención de salud pública existentes, como las máscaras, como una vía hacia la endemicidad viral.⁷

El primer caso secuenciado de ómicron se informó desde Botswana el 11 de noviembre de 2021, y unos días más tarde se informó otro caso secuenciado desde Hong Kong en un viajero de Sudáfrica. ⁸ Siguieron varias secuencias de Sudáfrica, después de la identificación inicial de que la nueva variante estaba asociada con una falla del objetivo del gen S en un ensayo específico de PCR debido a una deleción de 69-70del, similar a la observada con la variante alfa. ⁹

 El primer caso conocido de ómicron en Sudáfrica fue un paciente diagnosticado con COVID-19 el 9 de noviembre de 2021, aunque es probable que hubiera casos no identificados en varios países del mundo antes de esa fecha. En Sudáfrica, el número medio de 280 casos de COVID-19 por día en la semana anterior a la detección de omicron aumentó a 800 casos por día en la semana siguiente, en parte atribuido al aumento de la vigilancia. ¹⁰

 Los casos de COVID-19 están aumentando rápidamente en la provincia sudafricana de Gauteng; el tiempo de duplicación temprana en la cuarta ola es mayor que el de las tres ondas anteriores(figura).

Figura casos de SARS-CoV-2 en primera, segunda, tercera y cuarta oleada, provincia de Gauteng de Sudáfrica

Las principales preocupaciones sobre el ómicron incluyen si es más infeccioso o grave que otros VoC y si puede eludir la protección de la vacuna. Aunque aún no se dispone de datos inmunológicos y clínicos para proporcionar evidencia definitiva, podemos extrapolar lo que se sabe sobre las mutaciones de ómicron para proporcionar indicaciones preliminares sobre la transmisibilidad, la gravedad y el escape inmune. Ómicron tiene algunas deleciones y más de 30 mutaciones, varias de las cuales (por ejemplo, 69–70del, T95I, G142D/143–145del, K417N, T478K, N501Y, N655Y, N679K y P681H) se superponen con las de los VoC alfa, beta, gamma o delta.⁸

 Se sabe que estas deleciones y mutaciones conducen a una mayor transmisibilidad, una mayor afinidad de unión viral y un mayor escape de anticuerpos.^11,  12

 Algunas de las otras mutaciones omicrones con efectos conocidos confieren una mayor transmisibilidad y afectan la afinidad de unión.^11,  12

 Es importante destacar que no se conocen los efectos de la mayoría de las mutaciones ómicron restantes, lo que resulta en un alto nivel de incertidumbre sobre cómo la combinación completa de deleciones y mutaciones afectará el comportamiento viral y la susceptibilidad a la inmunidad natural y mediada por vacunas.

El impacto del ómicron en la transmisibilidad es motivo de preocupación. Si las mutaciones omicrones superpuestas mantienen sus efectos conocidos, entonces se espera una mayor transmisibilidad, particularmente debido a las mutaciones cerca del sitio de escisión de furina.

La evidencia epidemiológica temprana sugiere que los casos están aumentando en Sudáfrica y que las pruebas pcr con falla objetivo del gen S también están aumentando. Aunque es probable que el ómicron sea altamente transmisible, aún no está claro si tiene una mayor transmisibilidad que el delta, aunque las indicaciones preliminares sugieren que se está propagando rápidamente en un contexto de transmisión delta-variante en curso y altos niveles de inmunidad natural a la variante delta. Si esta tendencia continúa, se prevé que el ómicron desplace al delta como la variante dominante en Sudáfrica.

Esperamos saber cómo este nuevo VoC afectará la presentación clínica. En esta etapa, los datos anecdóticos disponibles de los médicos en primera línea en Sudáfrica sugieren que los pacientes con ómicron son personas más jóvenes con una presentación clínica similar a la de las variantes anteriores. ¹³

 Aunque hasta ahora no se han planteado preocupaciones clínicas alarmantes, esta información anecdótica debe tratarse con precaución dado que los casos graves de COVID-19 generalmente se presentan varias semanas después de los síntomas iniciales asociados con la enfermedad leve.

El escape inmunológico es otra preocupación. A falta de datos sobre la eficacia observacional de la vacuna y los estudios de neutralización de anticuerpos sobre sueros vacunales, los datos preliminares del programa nacional de pruebas PCR podrían proporcionar algunas pistas. Los datos sobre pruebas PCR positivas en personas con pruebas positivas previas sugieren un aumento en los casos de reinfección en Sudáfrica. Sin embargo, el mayor uso de pruebas rápidas de antígenos y la captura incompleta de resultados negativos han complicado la interpretación de las tasas de positividad de las pruebas, que han aumentado a aproximadamente cuatro veces la tasa anterior en la última semana. A pesar de esta limitación, el aumento de los casos de reinfección está en consonancia con las mutaciones de escape inmune presentes en el ómicron.

Aunque hay informes contradictorios sobre si las vacunas COVID-19 han conservado consistentemente una alta eficacia para cada uno de los cuatro VoC anteriores a omicron, los ensayos clínicos han informado de una menor eficacia para algunas vacunas en entornos de transmisión en los que la variante beta es dominante. Las variantes anteriores han reducido la eficacia de la vacuna; por ejemplo, la vacuna ChAdOx1 fue 70% efectiva en la prevención de infecciones clínicas para la variante D614G en el Reino Unido, pero esta eficacia disminuyó al 10% para la variante beta en Sudáfrica.¹⁴

 Sin embargo, la eficacia de la vacuna BNT162b2 en la prevención de infecciones clínicas se mantuvo en las variantes D614G y beta.¹⁴

 Dado que ómicron tiene un mayor número de mutaciones que los VoC anteriores, el impacto potencial de ómicron en la eficacia clínica de las vacunas COVID-19 para infecciones leves no está claro.

Hasta ahora, la mayoría de las vacunas contra la COVID-19 se han mantenido eficaces para prevenir la COVID-19 grave, la hospitalización y la muerte, para todas las variantes anteriores, porque esta eficacia podría depender más de las respuestas inmunitarias de las células T que de los anticuerpos. Estudios observacionales de Qatar (n=231 826)¹⁵ y Kaiser Permanente (n=3 436 957)¹⁶ informó de una eficacia de la vacuna de más del 90% en la prevención de ingresos hospitalarios durante la transmisión de la variante delta, incluso hasta 6 meses después de la vacunación. Los datos observacionales del estado de Nueva York, EE.UU. (n = 8 834 604) indicaron una alta eficacia de la vacuna en la prevención de enfermedades graves en personas mayores de 65 años, con diferentes niveles de protección conferidos por diferentes vacunas: 95% para BNT162b2, 97% para mRNA-1273 y 86% para Ad26.COV2.S ¹⁷

—con disminuciones mínimas en la protección 6 meses después de la vacunación.

En términos de diagnóstico, la variante ómicron es detectable en plataformas de PCR ampliamente utilizadas en Sudáfrica. No hay razón para creer que los protocolos y terapias actuales de tratamiento de COVID-19 ya no serían efectivos, con la posible excepción de los anticuerpos monoclonales, para los cuales aún no se dispone de datos sobre la susceptibilidad de la variante ómicron. Es importante destacar que las medidas de prevención de salud pública existentes (uso de máscaras, distanciamiento físico, evitación de espacios cerrados, preferencia al aire libre e higiene de manos) que han seguido siendo efectivas contra variantes pasadas deben ser igual de efectivas contra la variante ómicron.

Las extrapolaciones basadas en mutaciones conocidas y observaciones preliminares, que deben interpretarse con precaución, indican que el ómicron podría propagarse más rápido y escapar de los anticuerpos más fácilmente que las variantes anteriores, lo que aumenta los casos de reinfección y los casos de infecciones irruptoras leves en las personas vacunadas. Sobre la base de los datos de VoC anteriores, es probable que las personas que están vacunadas tengan un riesgo mucho menor de enfermedad grave por infección por omicrones. Se espera que un enfoque de prevención combinado de la vacunación y las medidas de salud pública siga siendo una estrategia eficaz.

1 WHO. WHO coronavirus (COVID-19) dashboard. 2021. https://covid19.who. int/ (accessed Nov 29, 2021).

 2 WHO. Update on omicron. Nov 28, 2021. https://www.who.int/news/ item/28-11-2021-update-on-omicron (accessed Nov 30, 2021).

3 Fontanet A, Autran B, Lina B, Kieny MP, Abdool Karim SS, Sridhar D. SARS-CoV-2 variants and ending the COVID-19 pandemic. Lancet 2021; 397: 952–54.

 4 Luo CH, Morris CP, Sachithanandham J, et al. Infection with the SARS-CoV-2 delta variant is associated with higher infectious virus loads compared to the alpha variant in both unvaccinated and vaccinated individuals. medRxiv 2021; published online Aug 20. https://doi.org/10.1101/2021.08. 15.21262077 (preprint).

5 van Kampen JJ, van de Vijver DA, Fraaij PL, et al. Duration and key determinants of infectious virus shedding in hospitalized patients with coronavirus disease-2019 (COVID-19). Nat Comm 2021; 12: 267.

6 Townsend JP, Hassler HB, Wang Z, et al. The durability of immunity against reinfection by SARS-CoV-2: a comparative evolutionary study. Lancet Microbe 2021; 2: e666–75.

7 The Lancet COVID-19 Commission Task Force on Public Health Measures to Suppress the Pandemic. SARs-CoV-2 variants: the need for urgent public health action beyond vaccines. 2021. https://static1.squarespace.com/ static/5ef3652ab722df11fcb2ba5d/t/60a3d54f8b42b505d0d0de 4f/1621349714141/NPIs+TF+Policy+Brief+March+2021.pdf (accessed Nov 30, 2021).

 8 GISAID. Tracking of variants. 2021. https://www.gisaid.org/hcov19- variants/ (accessed Nov 30, 2021).

 9 Volz E, Mishra S, Chand M, et al. Assessing transmissibility of SARS-CoV-2 lineage B. 1.1. 7 in England. Nature 2021; 593: 266–69.

10 Department of Health, Government of South Africa. COVID-19. Dec 2, 2021. https://sacoronavirus.co.za/(accessed Dec 2, 2021).

 11 Greaney AJ, Starr TN, Gilchuk P, et al. Complete mapping of mutations to the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain that escape antibody recognition. Cell Host Microbe 2021; 29: 44–57.

12 Harvey WT, Carabelli AM, Jackson B, et al. SARS-CoV-2 variants, spike mutations and immune escape. Nat Rev Microbiol 2021; 19: 409–24.

13 National Institute for Communicable Diseases. Frequently asked questions for the B.1.1.529 mutated SARS-CoV-2 lineage in South Africa. 2021. https://www.nicd.ac.za/frequently-asked-questions-for-the-b-1-1-529- mutated-sars-cov-2-lineage-in-south-africa/ (accessed Nov 30, 2021).

14 Abdool Karim SS, de Oliveira T. New SARS-CoV-2 variants: clinical, public health, and vaccine implications. N Engl J Med 2021; 384: 1866–68.

15 Chemaitelly H, Tang P, Hasan MR, et al. Waning of BNT161b2 vaccine protection against SARS-CoV-2 infection in Qatar. N Engl J Med 2021; published online Aug 27. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2114114.

 16 Tartof SY, Slezak JM, Fischer H, et al. Effectiveness of mRNA BNT162b2 COVID-19 vaccine up to 6 months in a large integrated health system in the USA: a retrospective cohort study. Lancet 2021; 398: 1407–16.

 17 Rosenberg ES, Dorabawila V, Easton D, et al. COVID-19 vaccine effectiveness in New York state. N Engl J Med 2021; published online Dec 1. https://doi.org/10.1056/NEJMoa2116063