La cepa Manaos Covid esta golpeando la puerta.

Dr. Carlos Alberto Díaz.

La variante de preocupación (VOC) P.1 surgió en el estado de Amazonas (Brasil) y fue secuenciada por primera vez el 6 de enero de 2021 por el Instituto Nacional japonés de Enfermedades Infecciosas. Contiene una constelación de mutaciones, diez de ellas en la proteína del pico. Las consecuencias de estas mutaciones a nivel poblacional han sido poco estudiadas hasta ahora.

De diciembre a 2020 a febrero de 2021, Manaos fue devastado por cuatro veces más casos en comparación con el pico anterior (abril-2020). En este caso, se analizaron los datos de la vigilancia sanitaria nacional de las personas hospitalizadas y la frecuencia de la variante P.1 utilizando un enfoque basado en modelos para estimar los parámetros P.1 de transmisibilidad y reinfección con la máxima probabilidad. Se realizaron análisis de sensibilidad cambiando la patogenicidad y el período analizado (incluido/excluyendo el período de colapso del sistema de salud).

Se encontró que la nueva transmisibilidad de variantes era aproximadamente 2,5 veces mayor (intervalo de confianza (IC del 95%): 2,3–2,8) en comparación con la variante anterior en Manaos.

Se estimó una baja probabilidad de reinfección por parte de la nueva variante (6,4%, IC 95%: 5,7-7,1%)), incluso por debajo de la alta prevalencia inicial (68%, IC del 95%: 63-74%), para cuando surgió P.1. Las consecuencias de una mayor transmisibilidad ya se observaron con VOC B.1.1.7 en el Reino Unido y Europa. Deben adoptarse medidas urgentes para controlar la propagación de la P.1.

Las hospitalizaciones covid-19 y la frecuencia de la variante P.1 en muestras clínicas mostraron un fuerte aumento en Manaos, Brasil, a partir de noviembre de 2020. El modelo ajustado sugiere que este aumento conjunto fue el resultado de la aparición de P.1, estimada en 2,5 veces más transmisible que la variante de tipo salvaje. La propagación de P.1 se produjo a pesar de una alta prevalencia estimada existente de infección por el virus de tipo salvaje y una pequeña probabilidad de reinfección por la variante invasora.

Todavía se desconoce la patogenicidad de P.1, pero incluso suponiendo tasas de hospitalización por infección más altas para la variante P.1, la transmisibilidad estimada se mantuvo por encima del doble que la variante de tipo salvaje. Dos estudios recientes analizaron datos genómicos del SARS-CoV-2 de Manaos evaluando la transmisibilidad de la nueva variante (3,4). Faria y sus colaboradores integraron la mortalidad y los datos genómicos y, utilizando un modelo bayesiano semimecanista, estimaron una transmisibilidad 1,4–2,2 veces superior y 25-61% evasión de inmunidad protectora relacionada con la variante P.1 (3).

Naveca y colaboradores estimaron un número de reproducción efectiva 2,2 veces mayor para la variante P.1 utilizando métodos filogenéticos, y sugirieron que P.1 es al menos dos veces más transmisible que el linaje parental, suponiendo que las reinfecciones sean raras (4). El presente trabajo sigue un enfoque diferente que puede definirse como un enfoque epidemiológico, basado en modelos y adecuado a los datos.

 En particular, los tres enfoques diferentes estimaron una mayor transmisibilidad de la variante P.1. Los datos de la región amazónica son escasos. Los datos de prevalencia existentes se obtuvieron de muestras de conveniencia, y la frecuencia P.1 a lo largo del tiempo se basó en tamaños de muestra pequeños; el primero se incluyó en los parámetros instalados, mientras que la incertidumbre de este último se consideró explícitamente

Los datos epidemiológicos probablemente están incompletos, ya que los datos analizados se superponen con el período de colapso del sistema de salud, lo que plantea limitaciones a este estudio. Esto se minimizó eliminando el período de colapso en el análisis de sensibilidad (SA2) y los resultados seguían siendo robustos. Debido a la falta de datos que evalúen la disminución de la inmunidad, el trabajo actual no incluye la reinfección por el tipo salvaje en individuos recuperados. Si la disminución de la inmunidad es un aspecto importante, la transmisibilidad podría ser menor de lo estimado en este estudio. Sin embargo, un estudio reciente que consideró esta posibilidad todavía estimó una alta transmisibilidad para la variante P.1 (3).

Las amenazas de una variante altamente transmisible ya se han observado con VOC B.1.1.7 en el Reino Unido, Estados Unidos y Europa (8). Una mayor transmisibilidad de la variante P.1 plantea fuertes preocupaciones de rápidos aumentos en el número de casos una vez que P.1 alcanza la transmisión comunitaria a través de Brasil y otros países. La variante P.1 ya se ha detectado en al menos 25 países (8).

Esto requiere estudios urgentes de patogenicidad de la variante P.1, ya que una mayor transmisibilidad y patogenicidad pueden conducir incluso a que los sistemas de salud bien preparados colapsen; ii) estudios inmunológicos para comprender el papel de la disminución de la inmunidad en la aparición de variantes después de un largo período de control epidémico; y finalmente iii) medidas de mitigación para controlar la propagación de P.1.

1. . Japan.; NIID [Internet]. Brief report: New Variant Strain of SARS-CoV-2 Identified in Travelers from Brazil. Coronavirus disease 4. [cited 2021 Feb 28]. Available from: https://www.niid.go.jp/niid/en/2019-ncov-e/10108-covid19-33-en.html
2. Naveca F, Nascimento V, Souza V, Corado A, Nascimento F, Silva G et al. Phylogenetic relationship of SARS-CoV-2 sequences from Amazonas with emerging Brazilian variants harboring mutations E484K and N501Y in the Spike protein. Virological. 2021 [Preprint]. [cited 2021 Feb 28]. Available from: https://virological.org/t/phylogenetic-relationship-of-sars-cov-2-sequences-from%5B1%5Damazonas-with-emerging-brazilian-variants-harboring-mutations-e484k-and%5B1%5Dn501y-in-the-spike-protein/585 .
3. Faria NR, Mellan TA, Whittaker C, Claro IM, Candido DDS, Mishra S, et al. Genomics and epidemiology of a novel SARS-CoV-2 lineage in Manaus, Brazil. [Preprint]. 2021 [cited 2021 Mar 03]. Available from: https://doi.org/10.1101/2021.02.26.21252554
4. Naveca F, Nascimento V, Nascimento V, Souza V, Corado A, Nascimento F, Silva G, Costa A, et al. COVID-19 epidemic in the Brazilian state of Amazonas was driven by long-term persistence of endemic SARS-CoV-2 lineages and the recent emergence of the new Variant of Concern P.1. Research Square [Preprint]. 2021 [cited 2021 Feb 28]. Available from: https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-275494/v1 .
5. Taylor L. Covid-19: Is Manaus the final nail in the coffin for natural herd immunity? BMJ. 2021;372:n394. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/33579721
6. McGough SF, Johansson MA, Lipsitch M, Menzies NA. Nowcasting by Bayesian Smoothing: A flexible, generalizable model for real-time epidemic tracking. PLoS computational biology. 2020;16(4):e1007735.
7. Rede Genômica Fiocruz [Internet]. Plots of lineages presence by state. [cited 2021 Feb 28]. Available from: http://www.genomahcov.fiocruz.br/presenca-das-linhagens-por-estado/ 8. PANGO lineages [Internet]. Global report investigating novel coronavirus haplotypes[1]GRINCH. [cited 2021 Mar 04]. Available from: https://cov-lineages.org/global_report_P.1.htm